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醫療廢水處理中的污水除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒(常用熟石灰消毒)或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有:診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。
醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法、化學法和微生物法，目前醫院更多采用的是化學方法，物理方法主要是是針對醫院廢水進行沉淀、分離、冷熱處理等操作。化學方法在醫院廢水處理中應用更為廣泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化劑消毒法、輻射消毒等，微生物處理法作為當前科技附加值較高的方法，逐步受到了人們的青睞。
醫院和醫療衛生機構排出的含有大量病菌、病毒和其他有毒有害物質的生活廢水。按醫院性質可分為傳染病醫院廢水和綜合醫院廢水；按廢水成分可分為有放射性醫院廢水、廢棄藥物醫院廢水、含量金屬離子醫院廢水。
醫療廢水處理流程如下：
預處理+一級處理+二級處理+深度處理+消毒+出水，改變醫院廢水水質的過程。主要是殺滅廢水中的致病微生物。為了提高消毒效果，在消毒前可對廢水進行預處理，包括一級和二級處理。醫療廢水消毒處理方法有氯化法、臭氧法、紫外線消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯酸鈉和二氧化氯法等三種。
為消滅廢水或污泥中的病原體或使之滅活而進行的處理過程。分為廢水消毒和污泥消毒。
醫院廢水處理主要是消毒，即殺滅病原體。醫院廢水的水質十分復雜，一般隨著用水量的增大，相應的污染物濃度也越來越高，醫院廢水處理流程應盡可能設調節池，調節池不但可以調節水量，消滅高峰負荷，并可以調節水質，使其處理效果不會因水質變化而受到干擾二氧化氯消毒劑的投加點一般選擇在調節池之后。浮選沉淀后經消毒池（由二氧化氯混合發生器制備的消毒劑）進行消毒后，達標排放。自發浮選沉淀池的剩余污泥排入調節池，調節池和接觸氧化池的污泥打入污泥消化池進行好氧消化處理可達標排放。
接觸氧化+沉淀+消毒
好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。膜生物反應器將膜分離技術與生物處理技術相結合的一種全新廢水處理技術主要由生物處理裝置曝氣池和膜分離組件組成廢水中的絕大部分有機物被微生物所分解膜分離組件將混合液中直徑大于膜孔徑的微粒和微生物截留下來得到可作為力水回用的處理出水或合格的排放水。
一級接觸氧化+一級沉淀+二級接觸氧化+二級沉淀+消毒
廢水經提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。調節池、混凝沉淀池、接觸池的污泥及柵渣等廢水處理站內產生的垃圾集中消毒外運。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
采用技術先進，運行可靠，操作管理簡單的工藝，使先進性與可靠性有機地結合起來。 利用節能的治理工藝，極大地降低工程運行費用。 采用成熟的先進技術工藝，有效控制工藝造價。廢水處理工藝以處理效果好，動力消耗低，運行穩定，管理方便的生化法為主；主要處理設備選用、運行穩定、操作維護容易的設備，以提高廢水處理效果、降低處理費用，使廢水處理后達到排放標準的要求。 摘自中國污水處理工程網《污水處理技術》
